Analyse de flambées nosocomiales de SARS-CoV-2

Au cours de la pandémie de COVID-19, trois flambées nosocomiales sont apparues sur des sites distincts des Hôpitaux Universitaires de Genève. Elles ont été maîtrisées avec succès en renforçant les mesures de prévention et de contrôle des infections. La protection des professionnels de la santé est une priorité essentielle lors de la prise en charge des patients infectés par le SARS-CoV-2. De même, la prévention du COVID-19 associé aux soins chez les patients ne souffrant pas du COVID-19 est primordiale. Une attention particulière doit être accordée aux patients vulnérables dans les établissements de soins de longue durée et en gériatrie.

L’objectif principal de cette étude est de reconstituer les flambées en combinant des données épidémiologiques et génétiques afin de comprendre la dynamique de transmission du SARS-CoV-2 et d’améliorer les pratiques de contrôle des infections ainsi que d’envisager des stratégies préventives supplémentaires. Les buts spécifiques comprennent :

Il s’agit d’une étude de cohorte rétrospective de foyers épidémiques de COVID-19 comprenant 104 patients et 185 soignants sur trois sites distincts des Hôpitaux Universitaires de Genève. Nous voulons recueillir les données cliniques et épidémiologiques de tous les patients et soignants infectés par le SARS-CoV-2 au cours de ces flambées nosocomiales. Nous construirons des courbes épidémiques par service pour les patients et les soignants et calculerons les taux d’attaque et les temps de doublement. Ces données nous aideront à construire le mécanisme présumé de transmission. Les données de séquençage génétique permettront d’affiner la résolution de cette analyse et d’identifier les foyers épidémiques et les cas importés qui n’auraient pas pu être reconnus par la seule analyse épidémiologique.

L’analyse de ces flambées nosocomiales apportera un éclairage essentiel sur la dynamique de transmission du SARS-CoV-2 dans le secteur de la santé et sera à la base des directives de prévention et de contrôle contre l’infection au cours des vagues successives de la pandémie, afin de mieux protéger les soignants et les patients. En outre, cette étude démontrera la valeur ajoutée du séquençage du génome pour élucider les liens complexes participant à la diffusion du SARS-CoV-2 dans les hôpitaux. Les données fournies par les analyses épidémiologiques ont permis le développement d’un outil d’e-learning destiné à améliorer les pratiques de prévention des soignants dans les secteurs à haut risque.

Combined epidemiological and molecular investigation of 3 nosocomial outbreaks of SARS-CoV-2 cross-infection